В 2009 году ФГУ Росгранстрой сформировало собственную филиальную сеть: 24 филиала размещены в столицах субъектов федерации и крупнейших приграничных городах. В истекшем же году были проведены мониторинг 417-ти пунктов пропуска через государственную границу Российской Федерации и инвентаризация их имущества, начался процесс передачи имущества автомобильных пунктов пропуска в оперативное управление ФГУ Росгранстрой. По состоянию на сегодняшний в день на баланс ФГУ Росгранстрой передано федеральное имущество 98-и МАПП. Задачи 2010 года – организация эксплуатации и обеспечение функционирования принятых на баланс объектов Росграницы, а также организация передачи на баланс имущества железнодорожных, морских и воздушных пунктов пропуска через государственную границу Российской Федерации.
